Un conseil scientifique propose les orientations et adopte les conclusions des travaux du secteur « Séminaires et colloques ».

Il est composé des personnalités suivantes :
 Sébastien Abis, administrateur du CIHEAM,

 Elie Barnavi, Conseiller scientifique du Musée de l’Europe à Bruxelles,

 Jean-Paul Chagnollaud, Professeur des Universités, rédacteur en chef de la revue Confluences Méditerranée,

 Jean-François Coustillière, Contre-amiral (2s),

 Jean-François Daguzan, Maître de recherche à la FRS, rédacteur en chef de la revue Maghreb-Machrek,

 Dominique David, Directeur exécutif de l’IFRI,

 Pierre Lafrance, Ambassadeur de France,

 Erwan Lannon, Professeur en droit européen à l’Université de Gand et au Collège d’Europe

 Michel Masson, Général de corps aérien (2s),

 Antoine Sfeir, Directeur de la rédaction des Cahiers de l’Orient, président du CERPO,

 Benjamin Stora, Professeur d’Histoire du Maghreb à l’Institut national des langues et civilisations orientales (INALCO),

 Giovanna Tanzarella, Déléguée générale de la Fondation René Seydoux pour le monde méditerranéen,

 Catherine Wihtol de Wenden, Directeur de recherche au CNRS (CERI).

Jean-François Coustillière assure les fonctions de président du Conseil Scientifique